乃多傳承祖庭 – 乃多扎西秋林寺
乃多傳承的祖庭 – 乃多吉祥法林 (藏譯「乃多扎西秋林，下稱「乃多祖寺」，又名奶多寺），位於西藏昌都卡若區芒達鄕，由乃多傳承始祖、第一世噶瑪恰美仁波切惹噶阿色於公元1637年建立。乃多祖寺的原址位於乃多傳承的聖地 – 巴日則吉祥山，時稱巴日則寺。該地點相傳是金剛乘重要本尊金剛亥母的壇城，是大成就者惹噶阿色尊者和大伏藏師天法明珠多傑的閉關之處。惹噶阿色尊者在該處撰寫了大部分的《恰美全集》教法，包括乃多教派的瑰寶《恰美山居法》和《大手印大圓滿雙融》。第一世天法明珠多傑尊者亦於該處由諸佛菩薩親傳大部分《天法意伏藏》。兩位大成就者的閉關洞迄今依然保存完好，現為乃多祖寺閉關中心建築群的一部分。
在修復、建設乃多祖寺巴則聖地的過程中，第五世卡珠法王在吉祥山頂興建了大蓮師像、在山腳興建了乃多祖寺大白塔，第三世南曲法王重新修葺了巴日則閉關中心。大蓮師像、閉關中心和大白塔三者，在視覺上形成一直線。自第三世南曲法王在2011年重新啟建乃多傳承盛事 – 一年一度的乃多世界和平祈願大法會以來，每年的大法會都是在巴日則吉祥山下舉行。
據史載，惹噶阿色尊者住世時，乃多祖寺有數千僧眾，是西藏康區的大寺。直至第五世恰美仁波切法王住世時，寺院受山火所毀，需另覓新址重建。經大伏藏師秋吉林巴、噶瑪寺堪布仁青達吉及第五世噶瑪恰美仁波切勘察選址，於1864年於乃多祖寺現址重建寺院，起名「乃多吉祥法林」。
乃多祖寺傳承金鬘法台世代守護法教，致使清淨無染的乃多法脈不間斷地流傳至今。乃多祖寺為乃多噶舉共許的祖庭， 下有持乃多名義的寺院五十餘座。
乃多祖寺現時的住持是尊貴的乃多金鬘傳承第十代法台第五世卡珠法王，日常事務由第三世南曲法王帶領寺院管理小組主持。因着卡珠法王和南曲法王的悲心和願力，祖寺經歷了上世紀的變遷後，陸續修復和建設佛學院、閉關中心、藏醫院等，是弘揚珍貴顯密教法的重要場所。
祖寺恆常法會
乃多祖寺的課誦法會恆常不斷。除藏曆六月外，每個月都有指定的大法會，而每月中的某些指定日子亦有特別的修法，詳見下表。每年藏曆六月，寺院課誦暫停，全體僧眾參加天法大圓滿教授及閉關修持。
乃多祖寺指定月份法會安排
| 藏曆正月初九至二十日 | 精髓總集大型法會 期間修持勝海觀音九尊、毗盧遮那佛、不動佛、阿彌陀佛、藥師佛、文武百尊、忿怒長壽、大悲密集、施身法，其中寶鬘、長壽密集的修法一直持續到二月二十日 |
| 藏曆三月初一至初七 | 四十五座金剛鬘壇城 |
| 藏曆四月初六至十六日 | 再伏藏度母十萬供養 |
| 藏曆五月十四至十五日 | 山神龍王供養 |
| 藏曆六月 | 課誦暫停 – 天法大圓滿教授及閉關 |
| 藏曆七月初一至十五日 | 道歌海紀念第一世噶瑪恰美圓寂 |
| 藏曆八月初十至十六日 | 乃多世界和平祈願大法會 |
| 藏曆九月二十至三十日 | 普巴靈器回遮 |
| 藏曆十月初八至二十五日 | 三十二座乃多壇城 |
| 藏曆十一月二十至三十日 | 交替修持忿怒蓮師火風瀦聚與鐵水 |
| 藏曆十二月十五至三十日 | 噶舉吉祥九尊靈器回遮、跳金剛舞 |
乃多祖寺指定日子法會安排
| 藏曆初八、十八、二十八日 | 藥師佛 |
| 藏曆初九、十九、二十九日 | 酬補 |
| 藏曆初十日 | 薈供 |
| 藏曆十五日 | 阿彌陀佛 |
| 藏曆二十五日 | 施身法 |
| 藏曆每月最後一日 | 釋迦牟尼佛 |
| 其他日子 | 隨類念誦 |